Bevor der Besucher die Venus - im „Mythos“ betitelten zweiten Teil der Ausstellung - erreicht, durchquert er einen Botticellis Porträts gewidmeten Raum. Hier zieht das im Besitz des Städel befindliche, als Simonetta Vespucci identifizierte weibliche Idealbildbildnis das Hauptaugenmerk auf sich. Gepaart ist es mit dem Konterfei Giuliano de Medicis, dessen Herzensdame Simonetta war. Ihr Porträt ist nicht so sehr eine lebensnahe Darstellung als vielmehr das Ideal einer Frau, die sich durch vollkommene Schönheit und Tugend auszeichnet. Die Bildniskunst spiegelt in dieser Weise die Auseinandersetzung mit der Antike im Zeitalter der Renaissance und zeigt auch in dieser Gattung Botticellis Originalität. Seine besondere Innovationskraft machte ihn zum meistgefragten Porträtmaler seiner Zeit. Bei den Porträts ließ er sich von nordalpinen Neuerungen inspirieren. Botticelli stellte verheiratete Damen in einfacher Haustracht dar und nicht in dem damals dominanten Typus der kostbar ausstaffierten Braut, doch wie die Brautbildnisse erscheinen seine Porträts tugendhaft distanziert im starren Profil. Dementgegen erscheint Simonetta leicht gedreht, was besonders im Oberkörper deutlich wird. Trotzdem ist sie noch weit vom Dreiviertelprofil Giulianos entfernt. Die beiden nebeneinander gestellten Porträts machen so auch die Unterschiede zwischen weiblichen und männlichen Bildnistypen deutlich.
Für seine Allegorien konnte Botticelli auf keine Vorbilder zurückgreifen, sie gehören zu seinen innovativsten Schöpfungen. So ist auch die auratische Göttin der Liebe weit entrückt von früheren Venus-Darstellungen; mit ihrer Herauslösung aus dem erzählerischen Kontext der „Geburt“ ist sie eine der ersten monumentalen Aktdarstellungen in der nachantiken Malerei. Einen Höhepunkt des Bereichs Mythos bildet „Minerva und Kentaur“. Die tugendhafte Göttin der Weisheit, deren sanfte Züge an die Simonettas erinnern, bändigt das wilde, von seinen Trieben gelenkte Mischwesen. Die Beherrschung und Kultivierung der Emotionen war ein zentrales Thema in der Philosophie der Antike und auch der Renaissance. Programmatisch die ursprüngliche Platzierung: Das Pendant zur ebenfalls abwesenden „Primavera“, dem neben der „Geburt der Venus“ wohl bekanntesten Bild Botticellis, hing einst im Schlafgemach eines Florentiner Stadtpalastes der Medici.
So sehr gerade die mythologischen Darstellungen mit dem Werk Botticellis identifiziert werden, darf man nicht vergessen, dass religiöse Motive den größten Anteil am Schaffen Botticellis hatten. Dieses Genre wird im dritten Teil der Ausstellung behandelt. Eine Verbindung zwischen den Gattungen schafft die Physiognomie der Madonnen, die demselben weiblichen Idealtypus folgt, den der Maler für seine Idealbildnisse und antiken Göttinnen entwickelt hat. Maria, nach theologischen Vorstellungen die ideale Frau, ist sowohl die Tugendhafteste als auch die Schönste. Zugleich umgibt sie ein melancholischer Zug, denn sie weiß um das künftige Schicksal des Gottessohnes; in der Geburt Christi wird seine Passion bereits mitgedacht. Selbst auf den säkularisierten Betrachter unserer Tage wirken die Bilder berührend.
Den Abschluss bildet räumlich und chronologisch ein vierteiliger Sballiera-Zyklus mit Szenen aus der Geschichte des heiligen Zenobius, einem der Schutzpatrone von Florenz. Die auf Museen in London, Dresden und New York verteilten Tafeln können im Städel erstmals wieder zusammengeführt werden. So bietet die Ausstellung sowohl für den kunsthistorischen Laien als auch für Fachleute einiges an Leckerbissen.