Ihr Markenzeichen sind Netzstrukturen, Kugeln, Spiegel und vor allem Punkte, die sogenannten „Polka dots“, mit denen Yayoi Kusama ihre Welt überzieht. Ganze Räume, Möbel, Menschen lösen sich in einem Strudel von Punkten auf.

Über den Ursprung ihrer Kunst in ihrer Kindheit sagte die Künstlerin einmal: „Ich sah auf das rote Muster der Tischdecke und als ich aufblickte, bedeckte dasselbe rote Muster die Decke, die Fenster und die Wände, und schließlich den ganzen Raum, meinen Körper und das Universum. Ich begann, mich selbst aufzulösen, und fand mich in der Unbegrenztheit von nicht endender Zeit und in der Absolutheit der Fläche wieder. Ich reduzierte mich auf ein absolutes Nichts.“ Dieses Gefühl der „Self-obliteration“ kann der Besucher nachempfinden in der Installation „Dots Obsession“, eine Arbeit von 1999. Die Wände sind komplett mit Spiegeln verkleidet, Fußboden und Decke wie ein Fliegenpilz gestaltet – unterschiedlich große weiße Punkte auf grellrotem

Grund. Große amorphe Ballons mit demselben Fliegenpilzmuster umschmeicheln und bezaubern den Anwesenden, der, ins Unendliche gespiegelt, mit sich selbst im Universum des Fliegenpilzes in den stillen Dialog treten kann. Selbstverliebter Rausch und ein klaustrophobisches Gefühl wechseln einander ab.

Die narzisstische Selbstbespiegelung kann der Besucher im Festsaal der klassizistischen Villa „Salve Hospes“ fortsetzten. Hier ist eine Arbeit zu sehen, die Yayoi Kusama anlässlich der Biennale in Venedig 1966 geschaffen hat. Allerdings war die Künstlerin nicht eingeladen, offiziell an dieser teilzunehmen. Sie stellte sich in die Gärten Venedigs mit 1500 Spiegelkugeln, die  sie für 1500 Lire an Passanten verkaufte. Ausdruck ihres Protests gegen die Kommerzialisierung der Kunst.

Leinwände, die komplett mit abstrakten Netzstrukturen übersäht sind, dokumentieren die Besessenheit der Künstlerin. Kusama selbst hat ihre „Infinity Nets“ als Bilder ohne Komposition bezeichnet – als Bilder ohne Anfang, ohne Ende, ohne Zentrum, wobei die endlose Widerholung des Motivs eine hypnotische Empfindung auslösen sollte.

In der Vielfalt ihrer Aktivitäten ist Yayoi Kusama so omnipräsent wie ungreifbar. Vielerlei kunsthistorischen Kategorien ist ihr Werk schon zugeordnet worden: Minimal art, Pop art, monochrome Malerei. In der Gesamtheit jedoch entzieht sich Kusamas Kunst jeder Zuschreibung. Sie selbst sagt: „Kusama ist nur Kusama, sonst nichts.“