Die Werke der Emanuel Hoffmann-Stiftung sind in den Museumsbeständen integriert und werden der Öffentlichkeit permanent im Museum für Gegenwartskunst als auch im Kunstmuseum Basel präsentiert. Die nicht ausgestellten Werke der Sammlung werden seit 2003 im Schaulager aufbewahrt.

Prägnante Arbeiten und sogar ganze Werkgruppen internationaler Künstler, sind nun teilweise zum ersten Mal im Museum für Gegenwartskunst zu sehen. Gezeigt wird eine exemplarische Werkauswahl, wobei das Schwergewicht bei Rauminstallationen, Videoprojektionen und fotografischen Arbeiten liegt. Arbeiten von Künstlern wie Mark Wallinger, Elizabeth Peyton, Peter Fischli und David Weiss, Richard Artschwager und John Baldessari sind zu sehen.